2012年1月30日，卫生部网站发布了《食品安全国家标准“十二五”规划（征求意见稿）》。面向社会公开征求意见，截止日期为2012年2月28日。
《规划》突出了食品安全标准清理整合工作，本着“先清理”现行食品标准，再逐步“整合”完善为新的食品安全国家标准的原则，加快推进标准的清理整合工作。在食品安全标准制定、修订方面，特别突出加快基础标准和生产经营规范标准制定、修订工作，此外还分析提出了基础标准、生产经营规范、产品标准和检验方法标准的工作重点和每类标准的具体工作任务。
2012年底前，公布食品安全国家标准跟踪评价规范等相关法规。2013年底前，完善食品安全国家标准制定、修订、征求意见、标准审评、审评委员会委员管理、标准公布等管理制度和工作程序，实现标准工作的公开、透明。
到2013年底，基本完成对现行1900项食品国家标准和3000余项食品行业标准中强制执行内容的清理，根据标准清理结果，提出现行标准继续有效、整合和废止相关标准或技术指标的清理意见；根据标准清理结果，2015年底前基本完成相关标准的整合和废止工作。
2015年底前，修订食品污染物、生物毒素、农药和兽药残留等限量标准和食品添加剂使用、食品添加剂产品标准、食品标签标准；制定食品安全术语、分类标准；制定食品致病性微生物限量标准和食品生产经营过程的指示性微生物控制要求，制定餐饮业即食食品微生物标准，科学设置食品产品中的微生物指标和限量；完善食品容器、包装、加工设备材料标准和食品容器、包装用添加剂使用等食品相关产品标准。
2015年底前，重点制定、修订食品中各类污染物、微生物、农药和兽药残留、食品添加剂以及产品标准指标、包装材料等分析检测方法标准，进一步完善食品毒理学安全性评价程序和检验方法等标准。
2015年底前，基本完成食品安全风险评估原则在食品安全标准制定中的应用研究、国际食品安全标准追踪比较研究、食品中微生物指标体系设置研究、主要功能类别食品添加剂使用原则等基础研究，并在标准工作中积极转化和应用研究成果。
到2015年，实现全面参与国际食品法典委员会各项活动，动态跟踪食品法典标准工作；参与或牵头与我国食品贸易利益密切相关的国际食品标准制定、修订和相关技术交流；不断完善国际食品添加剂法典委员会、农药残留法典委员会主持国、亚洲地区执行委员工作。
