我国实行基本药物制度，比其他国家更为复杂。这是因为，医药行业还处在“小、散、乱”的初级发展阶段，医疗服务体系还没有实现公益性。当前人们感受到的一些基本药物制度带来的问题，实质是医药产业和医疗服务体系长期积累的问题在该制度上的表现。
首先，我国医疗服务和药物供给的结构不合理，适宜技术、适宜药物供给不足，过度用药、不合理用药非常严重。基本药物制度在推进适宜用药、转变医学模式、提高和规范药物质量方面起到了深远作用。
其次，以药养医，是当前医疗卫生领域最突出的问题。不解决以药养医，即使医保扩面提标了，药物费用仍会迅速增加。因此，必须充分发挥基本药物制度推动医疗卫生改革的作用。
第三，我国目前有上万家药物生产和流通企业，规模小，监管难，研发和国际竞争力弱，必须走结构调整、产业整合的道路。基本药物制度统一招标采购，正是用市场化手段推动医药产业整合的有效办法。在整合过程中，必然会有一些竞争力弱、规模小的企业淘汰。当然，在整合过程中要采取合适的产业政策，扶持有竞争力的企业，还要把握好力度和速度。
第四，长期以来，我国形成了一些寄生在药物流通产业链上的既得群体，基本药物制度涉及到了这些利益。实行基本药物招标采购，一部分企业、流通环节以及部分医务人员的利益都受到了损害，应借此机会从其他方面提高医务人员的合理待遇，对流通环节，必须坚持规范和整顿药物流通秩序。
实施基本药物制度以来出现的一些问题，不是基本药物制度本身的方向问题，而是这一制度把原来固有的矛盾暴露了出来，主要是由于旧体制机制同基本药物这项新制度不适应。
例如，一些省份实行量价挂钩之后，企业反映市场比改革前缩小了，这是因为实现了合理用药，等运行一两年之后，市场规模就比较容易确定了；有的反映搞基本药物制度之后乡镇卫生院服务量下降，这一方面是因为减少了过度医疗，把重症病人转上去了，另一方面，等政策稳定一段时间，县医院改革完成后，更多的患者还会回到基层。
总的来说，基本药物制度的方向是完全正确的，应着力巩固完善现有政策。否则，不仅会动摇改革成果，还会给市场发出错误的信号，以后再进行改革就更困难。
